病理科成立于1963年，历任主任杨秉炎、李静、王进进、张慧娟。在几代病理人的努力下，学科不断发展，诊断水平精湛，技术力量雄厚，档案资料齐全，为临床、教学、科研提供了有利条件。科室是上海市乳腺和女性生殖系统疾病专科病理培训基地和宫颈细胞学质量控制成员单位，设有病理学专业研究生培养点。杨秉炎主任曾获国家科技成果二等奖。 现有医技人员24名，博/硕士人员占50% ，主要承担医院的手术、活检、细胞学等各类标本的诊断，每年承担组织学诊断5万例左右、细胞学诊断11-13万例，诊断范围覆盖妇科与乳腺良恶性肿瘤病理、不良妊娠胎盘病理。围产儿尸解量年均100-200例。接受全国各地的疑难病理切片会诊，年均1500例。除常规免疫组化及细胞学p16/ki67双染外，还开展一系列分子病理检测：包括FISH、子宫内膜癌TCGA分子分型、妇科肿瘤90基因、卵巢癌同源重组缺陷HRD、BRAC1/2基因和乳腺癌21基因检测等。现任学科带头人、科主任张慧娟系香港大学病理学博士、英国牛津大学病理系和分子医学研究所访问学者，先后主持承担十余项国家级、省/市局级科研项目。科室重点开展妇科肿瘤诊断与发病机制、胎盘病理及妊娠滋养细胞疾病发病机制、围产儿畸形发病机制等基础病理和临床病理研究。